W celu zapewnienia jakości kształcenia na Wydziale Nauk Ekonomicznych i Zarządzania został wprowadzony Wewnętrzny System Zapewnienia Jakości Kształcenia. Dokonała tego Komisja ds. Jakości Kształcenia, powołana uchwałą Rady Wydziału nr 195/07/2006 z dnia 4 lipca 2006 r. Komisja ta uchwałą nr 129/05/2011 Rady Wydziału Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Uniwersytetu Szczecińskiego z dnia 12 maja 2011 r. została przekształcona w Wydziałowy Zespół ds. Jakości i Programów Kształcenia. Aktualnie, zgodnie z zgodnie z zarządzeniem Rektora US nr 7/2013 z dnia 14 lutego 2013 r. w sprawie utworzenia zespołów rektorskich ds. jakości i programów kształcenia i określania zakresu ich działania wydziałową strukturę WSZJK uzupełniają Kierunkowe Zespoły ds. Jakości i Programów Kształcenia powołane dla wszystkich kierunków studiów realizowanych na WNEiZ.

Aktualny kształt Wewnętrznego Systemu Zapewnienia Jakości Kształcenia jest zgodny z uchwałą Senatu US nr 90/2011 z dnia 24 listopada 2011 r. w sprawie Wewnętrznego Systemu Zapewnienia Jakości Kształcenia w Uniwersytecie Szczecińskim, a jego strukturę i cel prezentuje Załącznik nr 1 do uchwały nr 89/05/2017 Rady Wydziału Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Uniwersytetu Szczecińskiego z dnia 18 maja 2017 w sprawie zatwierdzenia zmodyfikowanego Wewnętrznego Systemu Zapewnienia Jakości Kształcenia na Wydziale Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Uniwersytetu Szczecińskiego.

Podstawowe cele Wewnętrznego Systemu Zapewnienia Jakości Kształcenia to: jest:

1. stałe monitorowanie i podnoszenie jakości kształcenia na WNEiZ,
2. podniesienie rangi pracy dydaktycznej Wydziału,
3. tworzenie jednolitych procedur oceny, metod i warunków kształcenia oraz programów studiów uwzględniających systemy stosowane w innych krajach, szczególnie w Unii Europejskiej,
4. zwiększenie mobilności studentów, w kraju i za granicą,
5. informowanie społeczeństwa, w szczególności kandydatów na studia, pracodawców oraz administrację państwową i samorządową, o jakości kształcenia i poziomie wykształcenia absolwentów.

Wewnętrzny System Zapewnienia Jakości Kształcenia obejmuje:

1. monitorowanie kanonów i standardów akademickich,
2. ocenę procesu kształcenia i realizacji efektów uczenia się,
3. Ocenę jakości i warunków prowadzenia zajęć dydaktycznych, w tym wprowadzania innowacyjnych metod nauczania,
4. ocenę dostępności informacji na temat kształcenia,
5. ocenę mobilności studentów,
6. badanie opinii absolwentów WNEiZ dotyczących przebiegu studiów i karier zawodowych,
7. badanie opinii pracodawców o poziomie wykształcenia zatrudnianych absolwentów WNEiZ,
8. wypracowanie narzędzi służących  doskonaleniu systemu zarządzania jakością kształcenia na Wydziale.

Funkcjonujący na WNEiZ Wewnętrzny System Zapewnienia Jakości Kształcenia rozwija kulturę jakości i ukierunkowanie na jakość we wszystkich podejmowanych działaniach, wykraczających poza obszar dydaktyki. Dotyczy to przede wszystkim przygotowania studentów do pracy naukowej oraz zapewnienia studentom możliwości uczestnictwa w badaniach naukowych prowadzonych przez pracowników Wydziału. Silna rola Wydziału w otoczeniu społeczno–gospodarczym Pomorza Zachodniego oraz stale wzrastający poziom satysfakcji studentów oraz absolwentów są podstawą do dalszego rozwoju oraz realizowanej misji przyjętej przez WNEiZ.

Zał. nr 1 do uchwały Rady Wydziału WNEiZ US nr 89/05/2017 z dnia 18 maja 2017 r. w sprawie zatwierdzenia zmodyfikowanego Wewnętrznego Systemu Zapewnienia Jakości Kształcenia na Wydziale Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Uniwersytetu Szczecińskiego